1859 yılında Maliye Vekaletinden ayrılarak Rüsumat Emaneti adıyla gümrük idaresi kurulmuştur. Aynı yıl, Heyet-i Teftişiye-i Rüsumiye (Gümrük Teftiş Kurulu) oluşturulmuştur. 1908 yılında Maliye Vekaleti ile Rüsumat Emaneti birleştirilmiştir. Bu dönemde, gümrük müfettişliği ayrı bir memuriyet sınıfı olarak varlığını devam ettirmiştir. 1931 yılında Gümrük ve Tekel Bakanlığı kurulmuş, Bakanlık Teftiş Kurulu ihdas edilmiştir. 1983 yılında Gümrük ve Tekel Bakanlığı ile Maliye Bakanlığı birleştirilmiştir. Maliye/Gümrük Müfettişliği muhafaza edilerek 1908’deki uygulamaya paralel bir yol izlenmiştir. 1993 yılında 485 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Gümrük Müsteşarlığı Teftiş Kurulu Başkanlığı olarak görevine devam etmiştir. 640 sayılı Gümrük ve Ticaret Bakanlığı’nın Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Rehberlik ve Teftiş Başkanlığı şeklinde örgütlenmiştir. Böylece yeni yapıyla birlikte Gümrük ve Ticaret Müfettişleri Derneği kurulmuştur.